第一综合工作部包含党群（纪检）部、人事部、财务部、资产管理部，负责党务、群团、纪检监察、人事管理、财务和资产管理等全面工作。健全各项管理制度，依法合规开展各项工作，严格执纪监察，落实考核、整改。 所属部门： 1.党群（纪检）部：负责落实上级机关党委及中心党总支党建各项工作；全面推进从严治党建设相关工作；落实党风廉政建设、纪律检查各项工作；负责中心工会全面工作；负责中心组织文化建设工作。 2.人事部：负责中心及所属单位人力资源管理工作；负责中心机构编制和岗位管理工作；负责人事制度建设和管理；负责干部选拔培养和各项考核。 3.财务部：负责中心及所属单位的财务工作，包括经费预、决算和核算并缴纳（代扣代缴）各项税款；做好中心财务监察及财务审计；负责对所属单位的监督管理；严格资金、资产管理，完善内控管理制度。 4.资产管理部：负责委属房产的装修改造和物业管理；负责中心所属企业固定资产管理；负责中心设备设施保障维护工作；负责所属企业经营管理。

第二综合工作部包含办公室、网络信息部、安全后勤保障部，负责行政管理、办公服务、网络信息、综合治理、安全服务保障工作。做到管理规范、制度健全、保障有力，实现全年无事故。负责服务保障场地管理和运营。 所属部门： 1.办公室：落实中心行政管理工作；负责办文办会、机要档案管理；落实信息、信访工作；对接开展外事相关工作。 2.网络信息部：按照市民族宗教委要求统筹协调委系统各单位的网络安全和信息化工作；承担中心整体网络安全和信息化的日常工作，包括中心信息系统和局域网的建设和维护，配合项目落实信息平台和系统搭建。 3.安全后勤保障部：负责中心整体综合治理、安全保卫、国家安全、保密等工作；负责中心整体卫生防疫工作；负责中心后勤服务保障和车辆管理保障工作。

第一业务工作部包含铸牢研究室、古籍史志部、创建促进（联谊）部、融媒体宣传部、会展部，负责铸牢中华民族共同体意识研究、古籍事务、民族团结进步创建、会展、融媒体宣传等相关工作。主责建立民族工作智库，牵头落实“京玉”“京和”“京拉”等合作协议，配合落实国家民委“三项计划”。负责相应业务场所的运营管理。所属部门：1.铸牢研究室：开展铸牢中华民族共同体意识的理论政策和实践课题研究，促进学术成果产出和转化，建立成果型智库；加强调查研究和交流合作，完善研究中心工作体系、研究体系，为中心铸牢中华民族共同体意识相关工作提供专家服务。2.古籍史志部：负责北京地区少数民族古籍文献整理、史志编纂、出版工作；协调、联络国家民族古籍相关部门，指导和落实北京市少数民族古籍抢救、整理、保护工作。3.创建促进部：负责整合社会资源，服务全市民族团结进步创建工作；开展民族团结进步创建活动，共建民族团结进步创建基地；承担市民族团结进步协会秘书处工作。4.融媒体宣传部：负责打造中心融媒体宣传矩阵；负责中心各宣传平台的管理和信息更新工作，负责中心各重点工作、活动项目的宣传推介及新闻发布；承担中心各项工作的采编制作任务；负责中心各宣传平台有关民族工作的舆情收集、监测、分析和上报工作；承担市民族宗教委交办的相关宣传、信息采编等服务保障任务。5.会展部：负责中心会展活动的策划组织及实施；承接中心及市民族宗教委交办的各类会议、活动及环境布置等设计制作和展陈任务；配合中心其他部室完成会展工作。

第二业务工作部包含民族文艺部、民族体育部、三交教育部，负责民族文化艺术、民族体育、民族教育培训和交往交流交融等相关工作。打造民族公益品牌项目，主责落实国家民委“三项计划”，配合完善民族工作智库内容，落实“京玉”“京和”“京拉”等合作协议中职责内条款。负责主责业务场馆的运营管理。所属部门：1.民族文艺部：以文化品牌活动、文艺演出等形式为载体，积极开展民族团结进步宣传教育，推动民族工作进机关、进企业、进社区、进乡镇、进学校、进军营、进宗教场所等“九进”工作；承办品牌项目活动和赛事。2.民族体育部：负责北京市民族传统体育协会秘书处工作；发掘有民族特色的文化体育项目，打造民族体育品牌项目；以民族体育项目为载体，积极开展民族团结进步创建“九进”和交往交流交融活动；落实民族体育各项赛事活动。3.三交教育部：落实中心各项交往交流服务工作；梳理北京市民族乡村、社区“三交”史料和典型故事，深化北京“三交”品牌项目；落实国家民委在京交流和服务保障工作；承担市民族宗教委相关业务交流服务工作。